struct program{
  int menu_num, input_num;
  int middle, end, attend, report, score;
  char id[10], name[10];
}stud[MAX]; 

.
(중략)
.

scanf("%s", stud[i].id);

.
(중략)
.

// strcmp(): 문자열비교함수 같으면 0을 리턴합니다.
if(strcmp(stud[i].id, "-99") == 0)
{
  printf("성적 입력을 종료합니다.");
  break ;
}

.
(생략)
..