일단 조건 채크가 부족해서 스택오버플로가 나는것으로 보입니다.

double factorial(int n)
{
    if(n==0)
        return 1;
    else
        return n* factorial(n-1);
}

위의 factorial을 보면 마이너스 값이 들어가면 무한재귀상태에 빠지기 때문에 순식간에 스택 오버플로가 일어납니다.
s 오비탈의 OB 값이 2인데 전자수를 3 등등으로 넣으니 무한재귀상태가 됩니다.
일단 위의 if문의 채크 조건을
if(n<=0)
로 바꾸면 작동되는듯 합니다. (실제 원하는 내용은 아니겠지만... 수정하셔야겠죠? ^^)

이런건 프로그래밍적인 부분이고.. ^^;
이런 전공 부분을 질문하실때는 약간의 설명이 필요할 것입니다.
예를들면 프로그램의 목적이나 특성 등... 이 같은 경우 오비탈에 대한것이라거나 가능한 전자 배치에 대한 설명이라거나 등등... 그렇지 않을경우 프로그램 논리를 보기전에 답변하고싶은 매력을 잃기 쉬울것 같습니다.
(오랜만에 고등학교때 화학선생님 얼굴이 떠오르네요... ^^)



김영민 님이 쓰신 글 :
: 컴파일러: Default compiler
: 실행중  g++.exe...
: g++.exe "C:\Documents and Settings\kim\바탕 화면\팩토리얼.cpp" -o "C:\Documents and Settings\kim\바탕 화면\팩토리얼.exe"   -ansi -g3  -I"C:\Dev-Cpp\lib\gcc\mingw32\3.4.2\include"  -I"C:\Dev-Cpp\include\c++\3.4.2\backward"  -I"C:\Dev-Cpp\include\c++\3.4.2\mingw32"  -I"C:\Dev-Cpp\include\c++\3.4.2"  -I"C:\Dev-Cpp\include"   -L"C:\Dev-Cpp\lib" -g3
: C:\Documents and Settings\kim\바탕 화면\팩토리얼.cpp:9: error: `main' must return `int'
:
: C:\Documents and Settings\kim\바탕 화면\팩토리얼.cpp: In function `void Control(int)':
: C:\Documents and Settings\kim\바탕 화면\팩토리얼.cpp:433: warning: passing `double' for converting 1 of `double factorial(int)'
: C:\Documents and Settings\kim\바탕 화면\팩토리얼.cpp:433: warning: passing `double' for converting 1 of `double factorial(int)'
:
: 실행 종료
:
: 이게 뭐가 잘못 됬다는지 모르겠네요/./
:
: 이거 숙제라서 빨리 해야하는데....