아래 다른 분이 이미 답변을 주셨는데, 그러한 방법 말고도 현재 상황에 맞게 프로그램을 수정하는 게 더 정석적인 방법인 것 같습니다.
에러 메세지를 봐서는 특정 함수 내에서 배열을 크게 잡으신 것 같습니다.
배열 크기가 얼마인가요?
배열 대신 메모리 할당(malloc)을 사용하시면 간단히 해결될 것 같은데요..
함수 내에서 선언하는 자동변수의 경우 스택에 위치하게 되어서 스택크기보다 크면 안됩니다(물론 그 변수는 스택보다 작다고 해도 자동변수들의 크기의 합이 스택보다 커서도 안됩니다)
윈도우는 일반적으로 1MB정도로 알고 있고, 아래 답변 주신 분에 의하면 도스는 64KB입니다.
예를 들어서, 128KB짜리 배열을 잡는다면 윈도우에서는 이상없이 컴파일이 될 것이고, 도스에서는 아래와 같은 메세지가 뜰 겁니다
메모리 할당방식으로 변경한다면, 윈도우던 도스던 상관없이 컴파일 및 실행이 되겠지요
도스방식의 메모리 크기가 640KB이므로, 그보다 큰 메모리를 사용한다면 좀 더 많은 수정이 요구될 듯 합니다.(파일에 읽고 쓰고 한다던가 하는 방법으로요)

이승대 님이 쓰신 글 :
: 안녕하세요?
: 뜬금없이 질문을 드려서 죄송합니다. 워낙 급해서요...
: 고수님들의 해결을 부탁드립니다.
:
: 저는 win 98 SE 를 쓰고 있습니다.
:
: 터보 C로 프로그램을 짜서 컴파일 하려고 하는데 array size too large in ** function 이라는 에러 메시지가 뜹니다.
:
: 윈도우 시작할때 도스로 부팅해서 윈도우는 안띄운 상태인데 아마 메모리가 모자란것 같습니다.
:
: 에러를 해결할 수 있는 방법을 알려주세요....