정확한 원인은 저도 잘 모르겠고, 저는 그냥 다음과 같은 방법을 사용합니다.
MainForm의 OnCreate 이벤트에서 Caption을 바꿔 주시면 됩니다.

void __fastcall TForm1::FormCreate(TObject *Sender)
{
  Caption = Application->Title;
}

최낙구 님이 쓰신 글 :
: C++Builder 2009 에서 작업표시줄 이름변경이 않되네요.
: Application->Title = "TEST_";